2020年，在新冠肺炎疫情和国际贸易低迷的形势下，深圳港完成货物吞吐量2.65亿吨，同比增长2.79%；集装箱吞吐量2654.79万标箱，同比增长3.02%。货物和集装箱和吞吐量均创历史新高。

数据显示，去年1月新冠肺炎疫情爆发后，给以外贸集装箱货物为主的深圳港带来前所未有的冲击，上半年全港集装箱吞吐量连续几月出现大幅下跌，下半年随着中国经济率先恢复，外贸回暖，深圳港集装箱吞吐量止跌回升，并连创月度新高，最终实现吞吐量同比正增长。2020年1-12月，深圳港累计完成外贸集装箱吞吐量2436.42万标箱，同比增长2.27%。

2020年1-12月，深圳港主要港区集装箱吞吐量均取得一定增幅，其中：盐田港区累计完成集装箱吞吐量1334.85万标箱，同比增长2.14%；南山港区累计完成集装箱吞吐量1183.77万标箱，同比增长3.62%；大铲湾港区累计完成集装箱吞吐量136.15万标箱，同比增长6.97%。

在过去一年，深圳港积极推动深水泊位和深水航道建设，加快推进“妈湾智慧港”20万吨级半自动化集装箱泊位改建，开展盐田港区东作业区项目、西部出海航道二期工程建设前期工作；绿色港口建设取得新突破，全港已有38个大型深水泊位可提供岸电服务，岸电建设和使用均居全国沿海港口首位；持续推动“深圳组合港-绿色港口链”项目，引导货主采用更为环保的“水水中转”“海铁联运”方式，紧密深圳港与珠三角港口的水路运输网络，加大布局内陆无水港建设，鼓励企业与内陆港联动发展。2020年1-12月份，深圳港累计完成水水中转吞吐量740.48万标箱，同比增长3.67%；完成海铁联运18.10万标箱，同比增长了13.47%。

此外，去年11月，粤港澳大湾区组合港项目启动，其中“蛇口-顺德组合港”率先落地，通过优化海关监管流程，实现喂给港和枢纽港间一次报关，两地海关对监管场所实行信息互认，实现深圳港外贸中转集装箱可在组合港办理交还箱和海关通关查验手续。在功能组合、船舶装卸、数据协同、港口合作的基础上，实现了“两港合一”。