2021年，深圳港全年累计完成集装箱吞吐量2876.75万标箱，同比增长8.36%，超额完成年度目标，创历史新高。

2021年全球疫情持续蔓延、航运市场不断波动的形势下，在市委市政府的领导下，深圳港助力国家“双循环”战略，市交通运输局会同市相关部门、区政府（管委会），统筹港航企业，主动作为、积极应对，实现了港口业务的逆势增长。在积极做好疫情防控的前提下，交通运输部门努力将疫情对深圳港的影响降至最低，通过积极协调班轮公司增开航线、预留舱位、增开外贸加班船，加大空箱调拨力度，有效缓解运力紧张矛盾，保证进出口物流畅通。2021年，深圳港国际班轮航线达到302条，相比去年底增加61条；全年累计增开728条加班船。

2021年，深圳一批港航重点项目建设也在稳步推进，为港口货运的发展提供源源动力。深圳港南山港区妈湾智慧港于6月投入运营；盐田港区东作业区集装箱码头工程一期工程12月8日开工建设等。目前，深圳全港可同时靠泊的20万吨级超大型集装箱船舶已达12艘。

2021年，深圳成功获批“十四五”首批港口型国家物流枢纽，全面推进建设“海、陆、空”高效集约的国家物流枢纽体系。为了保障海运港口货运物流业发展的快速稳定发展，深圳市交通运输部门多措并举，全力支撑。推动建立深圳海上国际船舶LNG加注中心，积极协助推动华安码头完成LNG加注中心改建，并及时核发了LNG加注业务经营许可，积极配合完成深圳国际航行船舶保税燃料油在盐田港区首单加注；优化集疏运结构，推进组合港项目，大力推动“水水中转”“海铁联运”，2021年深圳港累计完成驳船中转量437.30万标箱，同比增长6.34%，海铁联运累计完成22.74万标箱，同比增长25.67%；落实综合改革授权，进一步拓展“粤港澳大湾区组合港”覆盖范围，成功新增开通东莞、中山等地13个组合港，覆盖广东省6个地级市，完成近10万个标准箱作业，切实提升深圳港中转能力和贸易便利化水平。